二者的区别在于关税合作的范围与程度有所不同。关税同盟是一些彼此之间实行自由贸易的国家对世界其他国家或地区实行共同关税壁垒的财政合作形式。在关税同盟下，某一成员国对来自其他成员国的进口商品，减征或免征进口关税，而对来自非成员国的进口商品按共同制定的统一对外税率征收进口关税。在自由贸易区下，各成员国相互减征或免征进口关税，但对非成员国的商品则分别按各自规定的税率征税，各成员国没有共同的外贸政策，各自按本国的具体情况决定本国对非成员国的贸易政策与关税税率。显然，相比之下，关税同盟成员国对整个组织所承担的义务和所受的约束范围比自由贸易区要大。
自由贸易区，是指两个或两个以上的国家或地区或单独关税区组成的区内取消关税和其他非关税限制，区外实行保护贸易的特殊经济区域或经济集团。如北美自由贸易区.自由贸易区有两个特点，一方面，在该集团内成员相互之间取消关税或其他贸易限制；另一方面，各个成员又各自独立地保留自己的对外贸易政策，尤其是关税政策，所以，有人把自由贸易区称为半关税同盟。
关税同盟是指两个或两个以上国家缔结协定,建立统一的关境,在统一关境内缔约国相互间减让或取消关税,对从关境以外的国家或地区的商品进口则实行共同的关税税率和外贸政策。关税同盟的主要特征是：成员国相互之间不仅取消了贸易壁垒，实行自由贸易，还建立了共同对外关税。也就是说，关税同盟的成员除相互同意消除彼此的贸易障碍之外，还采取共同对外的关税及贸易政策
