现在撒哈拉沙漠这块地方，历史上经历了多次森林化，沙漠化。从公元前70世纪到39世纪这一段时期，被称作绿色撒哈拉时期，也是距今最近的一次绿化撒哈拉阶段；到了公元前三十几世纪，干燥的气候终于导致撒哈拉沙漠化。
目前已知的最早的类人猿发现在现在乍得境内，撒哈拉沙漠的南部。这个阶段的类人猿还是需要生活在森林里面的，所以现在那块已经是沙漠的地方，在八九百万年前就是森林。实际上在人类从类人猿开始演化的几百万年的历史里面，气候经历过多次很大的变化，所谓沧海桑田，各地环境变化是非常大的，现在撒哈拉沙漠这块地方，也经历了多次森林化，沙漠化。
冰期结束后，地球进入全新世，全球气温开始上升，比现在的气温要高出不少。撒哈拉沙漠地区在刚进入全新世的时候还是干燥的气候，但是到了公元前7000年开始的大约两千年的时间里，北非的气候变得非常湿润，这个地区的水体都要比现在大很多，比如乍得湖在最盛的时候面积达到40万平方公里，比现在的里海都要大，水位也要比现在高出30米左右。在现在撒哈拉沙漠的很多地方，遍布着湿地，草原，森林，自然也有众多的野生动物，也有很多人类定居在这里。
这个地区的气候从公元前5000年左右开始逐渐干燥，不过一直到公元前39世纪左右，撒哈拉整体仍然是湿润的，从公元前70世纪到39世纪这一段时期，被称作绿色撒哈拉时期，也是距今最近的一次绿化撒哈拉阶段。在这一时期，人类甚至已经在现在撒哈拉地区发展出了程度不低的农业文明，有可能是当时世界上最发达的农业文明。在苏丹 发现的这个时期的岩画可以体现出当时绿色撒哈拉的繁荣程度。
到了公元前三十几世纪，干燥的气候终于导致撒哈拉沙漠化。到了公元前3400年左右，撒哈拉的干燥程度已经与现在相当，大多数地方已经沙漠化，原来居住在撒哈拉绿地的人们已经退守到了少数的河谷地区以及零零星星的绿洲里。其中退守到尼罗河河谷的人们最终发展出了古埃及的文明，在公元前32世纪左右进入了王朝时期。这个时候撒哈拉沙漠已经很具规模了。
