主要不同为毕业证书不同、培养方案不同、学费不同、招生对象不同。
详解：
(1)毕业证书有所不同，非全日制和全日制研究生毕业时，按照国家有关规定发给相应的、注明学习方式的毕业证书。也就是说选择非全日制研究生学习，毕业所获得的毕业证书标有“非全日制”字样。当然，非全日中的同等学历申硕只有学位，没有学历证书(单证)。
(2)培养方案有所不同：全日制是脱产学习是，全日制授课，提供住宿，户口档案可转入学校;非全日制是脱产学习，集中上课，学校一般不提供住宿，户口档案不转入学校。
(3)学费有所不同：全日制学费低，非全日制较高，基本上都过万，4万、6万、有的专业(如MBA)甚至一年交十几万。
(4)招生对象有所不同：非全日制主要面向一定工作年限和经验的在职人员;全日制主要是面向应届本科毕业生。
